Nesta modalidade de tratamento, administra-se ao paciente os elementos aos quais ele é alérgico, em doses crescentes. Por exemplo, um paciente com alergia aos ácaros, que não atinja um bom controle de sintomas com os tratamentos convencionais pode receber “vacinas” contendo os ácaros aos quais ele é alérgico com objetivo de induzir um estado de tolerância ao ácaro, reduzindo os sintomas de alergia de forma mais permanente. Pode ser usado em vários tipos de situações, em especial quando não há resposta aos tratamentos convencionais. É um tratamento longo que pode durar até 5 anos. Pacientes com alergia aos ácaros, pólens, insetos venenosos e alguns tipos de alergia alimentar podem se beneficiar muito deste tipo de tratamento. Existem vários tipos de vacinas, no entanto as vacinas orais (em gotas) e injetáveis são as mais utilizadas na prática.